Под заказ
Готовые NGS панели для таргетного обогащения Share Designs, Roche, Швейцария.
Данная продукция предназначена только для научных исследований.
Данная продукция предназначена только для научных исследований.
Описание
Готовые NGS панели для таргетного обогащения Share Designs были разработаны, как самой компанией Roche, так и в коллаборации с учеными из разных частей света. Портфолио панелей постоянно расширяется, в соответствие с возникающими потребностями в научных областях, таких как: онкология, генетика человека, сельское хозяйство и другие приложения.
Мышиный экзом / Mouse Exome Design
- SeqCap EZ Design: Mouse Exome Design
- Организм: мышь
- Сборка генома: C57BL/6J, NCBI37, MM9
- Файлы дизайна: Mouse Exome Design
- Демо данные: Предоставляются по запросу
- Коллаборатор: Roche NimbleGen/Консорциум по мыши
- Спецификации/детали: Кодирующие последовательности, отобранные для пула зондов мышиного экзома содержат 203 225 экзонов, а также микроРНК, Общий размер панели включает более 54,3 Мб таргетных последовательностей (C57BL / 6J, NCBI37 / mm9). Дизайн был основан на унифицированном наборе генов на основе Mouse Genome Database, состоящей из недублированных предсказаний генов из базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), Ensembl и Аннотации генома позвоночных (VEGA). Чтобы оптимизировать размер пула зондов и избежать не уникально картируемых областей, мы исключили обонятельные рецепторы и псевдогены из таргетных последовательностей. В случаях, когда экзон содержал как UTR, так и кодирующую последовательность, последовательность UTR была включена в дизайн.
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Prime Choice
Название дизайна: 110624_MM9_Exome L2R_D02_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000032100 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Экзом собаки / Canine Exome Design
- SeqCap EZ Design: Canine Exome
- Организм: Canis familiaris
- Сборка генома: CanFam3.1
- Файлы дизайна: Canine Exome Design
- Коллабораторы: Барт Брок, Кристоф Хитте, Томас Дерриен, Джессика Ньювербург, Дитер Дефорс
- Спецификации/детали: Панель Canine Exome объединяет экзоны аннотации CanFam 3.1 Ensembl, недавно обнаруженные экзоны, кодирующие белки, и множество некодирующих областей РНК (микроРНК, длинные некодирующие РНК и антисмысловые транскрипты), общий размер панели составляет 152 Мб. Этот дизайн был создан в результате сотрудничества Университета Гента, Университета Ренн 1, Института широкого профиля MIT, Гарвардского университета и Упсальского университета. Для получения дополнительной информации см. Broeckx et al. (2015).
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Prime Choice
Название дизайна: 140702_canFam3_exomeplus_BB_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000022470 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Экзом свиньи / Pig Exome Design
- SeqCap EZ Design: Roslin Pig Exome Design Version 1
- Организм: Sus scrofa (pig)
- Сборка генома: Sscrofa10.2 с дополнительными последовательностями из GenBank в предоставленном файле
- Файлы дизайна: Предоставляются по запросу
- Коллаборатор: Мик Уотсон, Эдинбургская геномика, Институт Рослина, Эдинбургский университет
- Спецификации/детали: База данных Ensembl gene annotations для свиньи, выпуск 71 использовалась в качестве основы дизайна панели Pig Exome, соответствующего сборке Sscrofa10.2 и сборке генома версии Мая 2012 года (исправлено в октябре 2012 года). Файл Sus_scrofa.Sscrofa10.2.71.gtf.gz был загружен с ftp-сайта Ensembl, при этом были суммированы длины непересекающихся геномных областей, соответствующих экзонам белок-кодирующих генов. Обнаружив, что «экзом» у свиней меньше, чем у человека и мыши, EST из сборки 42 UniGene Sus scrofa были сопоставлены с геномом свиньи. Файл Ssc.seq.uniq, представляющий самую длинную и наиболее качественную единичную последовательность из каждого кластера, был загружен с FTP-сайта NCBI и использован в качестве входных данных для NCBI BLASTN. Далее были выбраны пары последовательностей с высоким показателем сродства (HSP) длиной не менее 50 п.н. и идентичные не менее чем на 90%; HSP, которые картировались в геноме более 200 раз, были отфильтрованы; а перекрывающиеся HSP объединили. Полученные регионы были суммированы до 22,5 Мб. Эти регионы были объединены с Ensembl gene annotation с помощью BEDTools. Финальный набор таргетных регионов панели составляет 58,1 Мб.
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Developer
Название дизайна: 130104_Sscr_10_2_MW_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000017630 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Более подробно можно ознакомиться на сайте компании-производителя