Под заказ
Готовые NGS панели для таргетного обогащения Share Designs, Roche, Швейцария.
Данная продукция предназначена только для научных исследований.
*предназначено для научно-исследовательских целей
Данная продукция предназначена только для научных исследований.
*предназначено для научно-исследовательских целей
Описание
Готовые NGS панели для таргетного обогащения Share Designs были разработаны, как самой компанией Roche, так и в коллаборации с учеными из разных частей света. Портфолио панелей постоянно расширяется, в соответствие с возникающими потребностями в научных областях, таких как: онкология, генетика человека, сельское хозяйство и другие приложения.
Мышиный экзом / Mouse Exome Design
- SeqCap EZ Design: Mouse Exome Design
- Организм: мышь
- Сборка генома: C57BL/6J, NCBI37, MM9
- Файлы дизайна: Mouse Exome Design
- Демо данные: Предоставляются по запросу
- Коллаборатор: Roche NimbleGen/Консорциум по мыши
- Спецификации/детали: Кодирующие последовательности, отобранные для пула зондов мышиного экзома содержат 203 225 экзонов, а также микроРНК, Общий размер панели включает более 54,3 Мб таргетных последовательностей (C57BL / 6J, NCBI37 / mm9). Дизайн был основан на унифицированном наборе генов на основе Mouse Genome Database, состоящей из недублированных предсказаний генов из базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), Ensembl и Аннотации генома позвоночных (VEGA). Чтобы оптимизировать размер пула зондов и избежать не уникально картируемых областей, мы исключили обонятельные рецепторы и псевдогены из таргетных последовательностей. В случаях, когда экзон содержал как UTR, так и кодирующую последовательность, последовательность UTR была включена в дизайн.
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Prime Choice
Название дизайна: 110624_MM9_Exome L2R_D02_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000032100 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Экзом собаки / Canine Exome Design
- SeqCap EZ Design: Canine Exome
- Организм: Canis familiaris
- Сборка генома: CanFam3.1
- Файлы дизайна: Canine Exome Design
- Коллабораторы: Барт Брок, Кристоф Хитте, Томас Дерриен, Джессика Ньювербург, Дитер Дефорс
- Спецификации/детали: Панель Canine Exome объединяет экзоны аннотации CanFam 3.1 Ensembl, недавно обнаруженные экзоны, кодирующие белки, и множество некодирующих областей РНК (микроРНК, длинные некодирующие РНК и антисмысловые транскрипты), общий размер панели составляет 152 Мб. Этот дизайн был создан в результате сотрудничества Университета Гента, Университета Ренн 1, Института широкого профиля MIT, Гарвардского университета и Упсальского университета. Для получения дополнительной информации см. Broeckx et al. (2015).
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Prime Choice
Название дизайна: 140702_canFam3_exomeplus_BB_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000022470 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Экзом свиньи / Pig Exome Design
- SeqCap EZ Design: Roslin Pig Exome Design Version 1
- Организм: Sus scrofa (pig)
- Сборка генома: Sscrofa10.2 с дополнительными последовательностями из GenBank в предоставленном файле
- Файлы дизайна: Предоставляются по запросу
- Коллаборатор: Мик Уотсон, Эдинбургская геномика, Институт Рослина, Эдинбургский университет
- Спецификации/детали: База данных Ensembl gene annotations для свиньи, выпуск 71 использовалась в качестве основы дизайна панели Pig Exome, соответствующего сборке Sscrofa10.2 и сборке генома версии Мая 2012 года (исправлено в октябре 2012 года). Файл Sus_scrofa.Sscrofa10.2.71.gtf.gz был загружен с ftp-сайта Ensembl, при этом были суммированы длины непересекающихся геномных областей, соответствующих экзонам белок-кодирующих генов. Обнаружив, что «экзом» у свиней меньше, чем у человека и мыши, EST из сборки 42 UniGene Sus scrofa были сопоставлены с геномом свиньи. Файл Ssc.seq.uniq, представляющий самую длинную и наиболее качественную единичную последовательность из каждого кластера, был загружен с FTP-сайта NCBI и использован в качестве входных данных для NCBI BLASTN. Далее были выбраны пары последовательностей с высоким показателем сродства (HSP) длиной не менее 50 п.н. и идентичные не менее чем на 90%; HSP, которые картировались в геноме более 200 раз, были отфильтрованы; а перекрывающиеся HSP объединили. Полученные регионы были суммированы до 22,5 Мб. Эти регионы были объединены с Ensembl gene annotation с помощью BEDTools. Финальный набор таргетных регионов панели составляет 58,1 Мб.
- Публикации/информация:
- Информация для заказа:
Тип продукта: SeqCap EZ Share Developer
Название дизайна: 130104_Sscr_10_2_MW_EZ_HX1
Внутренний референсный номер IRN #: 4000017630 - Каталожный номер:
24 реакции: 08333025001
96 реакций: 08333033001
384 реакции: 08333050001
Более подробно можно ознакомиться на сайте компании-производителя